Os meio irmãos Phineas (Vincent Martella) e Ferb (Thomas Brodie-Sangster) comemoram a chegada de Perry (Dee Bradley Baker), um ornitorrinco que é o novo animal de estimação da dupla. Em meio à festa eles são arremessados para a Doofenshmirtz Malvados e Associados, onde encontram uma máquina capaz de abrir portais para outras dimensões. Phineas e Ferb logo viajam até uma cidade paralela. onde encontram suas personalidades alternativas e precisam enfrentar uma versão ainda mais malvada do dr. Heinz Doofensmirtz (Dan Povenmire). É quando Perry revela um segredo desconhecido de seus novos donos.